Point sur le programme

Traitements MS2+MSA

PeptideReport vérifié et OK . Reprendre les ACC prot Revoir les definitions avec Delphine et Jean des differentes categories et des status asso et des seq synthetiques attendues. verifier definition des explications category dans le prgramme "Both Score Same Seq " (il reste un petit détail certains peptides n'ont pas de ACC associes dans la table alors qqu'il y a un match ok
setValidation a true pour la category 1e par exemple du coup le statut sera a validated dans le tableau. A confirmer
ProteinReport verifié (coverage estimee le preciser a Delphine et Jean sinon repasser par ms-seq.exe mais cela risque d'etre couteux en temps machine)
StatReport OK (Les stat ont ete verifiées) l'ordre de presentation des resultats est peut etre a revoir Revoir la sortie dans le tableau HTML

Memo objet scan pas defaut type a MS2
attention on a meme fenetre parametre et on prend pas defaut valeur PLSMS2 (valeur PLSMSA jamais utilise trompeur pour l'utilisateur qui risque de modifer la valeur dans l'interface si il traite MSA-only et non MS2-only du coup dans le statReport les 2 valeurs sont affichees alors qu'une seule n'est valide !! PeptideReport cell clickables ProteinReport (reste score mass coverage a rajouter comme dans MS2/MSA ... et peptideconsensus (pas de peptide synthehtique en MS*only)
normalement la fenetre ParamBox s'actualise en fonction du type de scan que l'on gére.
Verifier cependant que les valeurs de scores sont bien celles passées dans l'interface !!!
les classes en MSonly a confirmer:
- pour les MS2-only ou MSA-only on a 3 catégories
- MSscore > seuil et deltaSc > seuil 1a MSscore < et deltaSc < seuil 1b MSscore < et deltaSc > seuil 1c (meme si ce cas est pourri surement)

Probleme export en MS2MSA regle Revoir en MSonly

Code couleur et categorie à vérifier en MS-only
appel url mascot MSonly a verifier
voir comment modifier appel mascot avec user password et modifier la fenetre configuration, base miscleavage eventuellementà rajouter
Attention le programme pour l'instant est ok si les modif variables fixent sont phospho dans cas ou plus de modif on ne differencie pas encore ( a revoir notamment pour donnees D'enfert eventuellement) !!! grep
export Stat a faire

nouvelle fenetre de dialogue pour pouvoir choisir 2 fichiers .dat;
filtre sur FDR a ecrire
reimplementer le PeptideReport en fonction des modif apportées dans le PeptideReport du MS2/MSA
protReport et StatReprot à coder.
- Probleme avec ProtReport:
  - (Mathias:) Les ACC pour MSA et ETD sont vides.
  - (Mathias:) Existe-t-il une correspondance entre scan(i,MSA) et scan(i,ETD) pour le ACC ? Verifier la pertinence des ACC dans ProtReport!
  - Mathias:) la structure "statinfo" dans MSAETD ne traite pas les "forward" et les "decoy". Le tableau statTable est alors vide. A modifier entre autre dans MSAETD.java
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